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Nat traduzione Un approcciu multi-omicu per cartografia di u tumore integratu, l'immune è u cancru Colorettu di u Cancer Colorectal revela l'interazione di u microbioma cù u sistema immune
Eppuru chì i biomarkers per u cancru di u Colon Primariu sò stati studiati in l'ultimi anni, e linee cliniche di u tumor-linastic (MMR) I ricercatori ùn anu assuciatu una mancanza di associazione immune imornu di gene, espressi, è di tumori in u cancellu Genome CANCER cohort è a survival coliport.
Cumu a ricerca hà progestatu caratteristiche quantitative di u cancer più primariu, cliccate in caccia à collare di u cancertu di u siccu, ma ci hè sempre capitu di u risultatu di e attività cliniche di cumu e so intaranze.
Per disseczione di a relazione trà cumplexità e immediata, un squadra di circadori da u istitutu di ciru di sidra è validà una carattere Asecutta è validà à a cumpagnu A squadra hà realizatu una analisi gomentica sfrenva di u cruceru di u colecessu primariu, cumpresa a thjante un tintu di tinta è u 16 anni a sequente di u tombu di u micrubiente U studiu hè statu publicatu in a natura medicina cum'è "un tumore integratu, immune è microbiome atlas di colon cancer".
Articulu publicatu in a medicina di a natura
Panoramica di l'accum
I ricercatori utilizonu una piattaforma genomica ortogonale à l'analizà i mostri di u tumulu frescu è di u tessulu adjacente (tumor-normale) da i pazienti cun terapia di colon senza terapia Basatu nantu à a sequenza in tuttu-exome (wes), u cuntrollu di a qualità di dati RNA, è i dati geniali di 348 sò stati ritenuti è usati per l'analisi di u downstream cun 4,6 anni. A squadra di Ricerca chjamò sta risorsa Sidra-Lumc Ac-icam: una mappa è a guida per l'interazzioni di u cancru di u cancer-microbiomi (Figura 1).
Classificazione moleculare aduprendu icr
Catturà un set di zeticu immune per un cancer continuu immunosenteillance, chjamatu l'est condensata in una ghjuvellu di u candatore di 20-gene ICR hè statu ancu assuciatu cù risposta immunoterapia in una varietà di tipi di cancer, cumpresu u cancer di u pettu.
Prima, i circadori sò stallati a firica ICR di l'AC-Icam Gene-Basatu nantu à i cullezzione di CE-CLORT (CRATS ECR) (Figura BAST) (Figura 1B). I ricercatori anu carattarizatu a propensità immune assuciata à i subtypi moleculari cunsuensibile (CMS), una classificazione basata in trascplazione di u cancer di Colon. I categorii CMS INCLUSI CMS1 / EMUNE, CMS2 / canonicu, CMS3 / Metebolic è CMS4 / Mesenchimal. L'analisi hà dimustratu chì i punteghji Icr eranu correlati in modu negativamente in tutte e cime di crisi di cms, è e catrazioni positivi cù e strompled solu in tumors di cms4.
In tutti i CMS, l'abbundanza di a cellula naturale di u Killer è T hè u più altu suttus di l'icru, cù una più bassa suttana è a riguarda un rolu di u progno)
Figura 1. Cunsigliu di studiu di l'AC-Icam, immune-rilativi, imune è subtuventi di l'immunari è a sopravvivenza.
ICR Catture Tumor-Arriched, Clonally Amplificate TL Celle
Solu una minurità di i cellulari di u tessulu di u tumore di u tumore di u tumore à esse specificu per l'antigens di tumore (menu di 10%). Dunque, a maiurità di e cellula intra-tumore t sò riferiti cum'è e cellula di bystander (bystander t A correlazione più forte cù u numeru di cellula di CELL cù TCRs pruduttivi sò osservati in Subpopulazioni Cell è Leukocyte (rilevata da RNA-Seq), chì pò esse adupratu per stima a cellula subpopulazioni (Figura 2a). In i clusters icr (classificazione in generale è cms), a clonalità di i SEQ ESQ ESQ è CMR è CMS (Figura 2c), cù a più alta proporzione di l'oscu Adupranu tuttu di trascritaru (18.270 genes), sei geni di icr, St1, IRF1, CCL10) eranu tra i primi di definizioni pussamente cù i primi di i pricidenti (Figura 2D). A clonalità ImmunooseQ Correlata di più forte cù u più geni di l'ICR di u correlazione hà osservatu cù u tumor-responsabilità cd8 + marcatori è 2f 2f è 2g). In cunclusione, l'analisi sopra suggerisce chì a signatura icr capisce a presenza di tumore arricchite, clonalmente amplificata
Figura 2. Metrrelazione TCR è correlazione cù geni di ligame immune è subtupi immune è moleculari.
Composizione di Microbioma in i tessuti di cancru sani è coloni
I circadori anu fattu 16s rrna sequenimentu usendu l'ADNA estratti da u tumore di u tumore di u colone è di u colone sanu da 246 pazienti (Figura 3a). Per a validazione, i ricercatori sò indidenti 16 I dati di sequenza di u Transimu di i 42 di Tumori aghjunti chì ùn anu micca avutu un normale DNA dispunibile per l'analisi. Prima, i circadori paranu l'abbundanza relative di flora trà tumori tagliati è tessulu sana. Clostrigium perfringens era informatu significativamente in i tumori cumparati à i mostri sani (Figura 3a-3d). Nuna era una differenza significativa in a diversa diversità di Alfa è abbundanza di specie in una mostra sola) trà tumor è di a diversità micr-altu riguardanti à i tumori di l'Icr-alta.
Per detectà associazioni clinicamente pertinenti trà i profili microbiali è i so risultati clinichi, i ricercatori anu destinatu à i 16 anni RRANCH sequenzione di sequenza per identificà e funziunali di u microbiomi. À AC-icam246, i ricercatori curò un mudellu di regressione di regressione selezziunata
In questa furmazione cohort (Icam246), una bassu puntuazione MBR (MBR <0, bassa MB) era assuciatu cù un risicu significativu di a morte (85%). I circadori anu cunfirmatu l'associu trà bassa MBR (risicu) è prolongatu OS in i dui cohortali cunvalidati in modu indipendente (ICAM42 è TCGA-COAD). (Figura 3) U studiu hà dimustratu una correlazione forte trà i punteghji di cocci è di MBSogastric, chì eranu simili è tumore di colone sanu.
Figura 3. Microbiomi in tumore è tessuti sani è a relazione cù a sopravvivenza di iCr è di u paziente.
Cunclusione
L'approcciu multi-omica utilizatu a rilevazione è l'analisi sbagliata di a risposta moleculare di a risposta immune in u cancru colorettu è revela a microbioma è u sistema immune. A sequenza di u tcer deep di u tumore è u tessuti sani anu revelatu chì l'effettu prognosticu pò esse dovutu à a so capacità di catturà tumor è possibbilmente Tumor Antigen
Per a cumpusizioni di l'analisi di l'analisi di u tumore à i 16s rrna Gene à i mostri di Ac-icam, a squadra hà identificatu una firma di u microbiale (u puntuazione di u risicu MBR). Eppuru sta signatura era derivata da mostre di tumore trà u coloramentu forte è u scettu di risicu sanu è tomore MBR di risicu di cumpusizione di cumpusizioni microbidi. Cumpulendu i punteggi ICR è MBR è hè statu identificà è validà un biomark multi-omicu chì prevede a survivabilità in i pazienti cù u cancer di colon. U dataset multi-omicu di u studiu furnisce una risorsa per capisce megliu a biologia di u cancer di Colon è l'aiutu scopre approcciali terapeutici persunalizati.
Tempu post: Ghjugnu-15-2023
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